使用cylview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示) | 宜武汇-ag真人国际厅网站

使用cylview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画

本文内容是对视频内容进行一些补充说明。视频里并没有把cylview所有特性一一展现,而是着重把新用户容易犯懵,不是显而易见,不容易自己试出来的操作进行了讲解,很容易理解的操作和选项视频里就没有去提,用户自己把玩几分钟就会得差不多了。

如果机子里没装化学文件格式转换程序openbabel的话,cylview只能载入gaussian输出文件,因此很不方便。所以强烈建议在机子里装上openbabel,是个免费程序,在此文里有简单介绍:《基于openbabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法》()。

有些人发现目前的cylview载入不了g16的输出文件,是因为没有按照视频里提及的方式去点击更新程序按钮,更新过之后就没问题了。

视频里使用了houkmol的style,这是cylview里内置的一种显示风格的组合,是搞有机体系计算知名的houk文章里常见的显示风格。

视频里的renderall.bat是个dos批处理文件,内容如下
for /f %%i in (‘dir *.pov /b’) do (
povray w640 h480 a %%i
)
将这些内容复制到一个文本文件里,改名成renderall.bat即可使用。此脚本会调用当前目录下的povray.exe对当前目录下的所有povray渲染器文件(.pov)进行渲染,产生出同名图像文件。

视频中用的ffmpeg是业界非常知名的视频编码、解码、转换程序,免费,小巧,功能极强,支持格式众多,各个操作系统都有,可以在免费下载,windows版解压即用无需安装。基本使用格式为ffmpeg [选项] [输入选项] -i [输入文件] [输出选项] [输出文件]。

制作mp4动画时用到了以下命令
ffmpeg -r 15 -i framed.png -crf 22 video.mp4
其中d代表通配0001、0002、0003…。-r后面是每秒的帧数,视频实际长度就是图像数目除以r值,因此r越大动画播放越快,r越小播放越慢。-crf是ffmpeg调用的名为x264的编码器里的参数,数值越小动画越清晰,但是文件越大,一般-crf 22就比较合适。

制作gif动画时用到了以下命令
ffmpeg -i frame0001.png -vf palettegen palette.png
ffmpeg -r 15 -i framed.png -i palette.png -lavfi paletteuse video.gif
虽然ffmpeg也可以一步就产生gif动画,即把前述命令的mp4后缀改成gif,但是动画里的某些颜色比较诡异,远不如上面这样先根据实际图像文件生成调色板文件,再产生gif动画来得好。gif文件比mp4大得多,而且只能包含256色,但好处是可以直接嵌入到网页和ppt里。

原文链接:http://sobereva.com/453

网络摘文,本文作者:15h,如若转载,请注明出处:https://www.15cov.cn/2023/08/27/使用cylview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示/

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