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在vmd中使用gaussview的元素着色的方法

文/sobereva@   2022-sep-16

gaussview的元素配色总体上来说不错,而且对所有元素都定义了唯一的颜色,在file – preference – colors – element colors中可以看到所有元素的颜色,如下所示

在vmd中使用gaussview的元素着色的方法

vmd是免费、灵活、强大而且超级流行的化学体系可视化工具。在vmd里也可以按照元素着色,见《在vmd程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法》()。然而,至少对于笔者撰文时的最新的正式版1.9.3版来说,vmd自带的元素着色定义很少,对绝大多数元素都是统一用的褐色,导致很多情况下没法区分不同元素,而且颜色也不美观。这里介绍在vmd里使用gaussview里元素颜色定义的做法。

从下载gview_color.tcl文件,将之放到vmd目录下(即vmd启动后在文本窗口里输入pwd命令后显示的目录),然后在vmd的vmd.rc文件末尾加入一行proc gview {} {source gview_color.tcl}。如果你不了解vmd.rc文件的话,看《vmd初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置》()。

启动vmd后,在文本窗口里输入gview,就可以把默认的元素着色方案替换成和gaussview相同的了。之后载入个含有元素信息的结构文件(比如pdb、xyz等),然后在graphics – representation里把coloring method设为element即可看到按元素着色的效果。如果想和gaussview显示的图像特征尽可能接近,将drawing method设为cpk,bond radius设为0.2,material设为aoshiny。对顺铂体系显示效果如下,左边是vmd的,右边是gaussview的

在vmd中使用gaussview的元素着色的方法

上图还可以看到在键的着色方面有差异,vmd的键的两边的颜色分别对应两个原子的,而gaussview都是白色的。如果想让vmd在这点和gaussview统一,可以把当前的representation里的bond radius设为0使得键不显示,然后再建立一个representation,用cpk,把sphere scale设0,bond radius设0.15,coloring method选colorid并指定为白色,之后效果如下所示,可见和gaussview显示的很接近了

在vmd中使用gaussview的元素着色的方法

再把原子半径、光源方向、材质微调一下,就更像gaussview的效果了。不过,gaussview里对多重键的显示效果是vmd里怎么设都模仿不来的。

原文链接:http://sobereva.com/652

网络摘文,本文作者:15h,如若转载,请注明出处:https://www.15cov.cn/2023/08/27/在vmd中使用gaussview的元素着色的方法/

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