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xcrysden在centos上的傻瓜式安装方法

1 前言

xcrysden()是非常流行的第一性原理程序quantum espresso用户经常用的重要工具,可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等,而且作图效果挺不错。xcrysden在ubuntu上比较容易运行,但对于做计算化学的人用得非常多的centos就不那么容易了。xcrysden很老的版本提供了semishared版,在centos里解压后就能运行,但较新的xcrysden官方只提供了shared版(至少是对于撰文时最新的1.6.2版而言),里面涉及的一些动态库在centos里没有相应的源。为了让centos用户用xcrysden毫无障碍,笔者在centos下编译了xcrysden,并且同时提供了傻瓜式编译的源代码包。

2 预编译版xcrysden的安装

这个笔者编译的xcrysden 1.6.2在centos 7系列各个版本上都可以运行。如果读者装系统的时候装的方式和《在vmware 15中安装centos 7.6的完整过程视频演示》()里演示的相同,不需要装额外的库就可以直接运行。如果运行时提示缺库,google一下报错提示,用yum安装相应的包即可。

对于centos 8.0,笔者发现没法直接运行,但只要把解压后目录下的tcl目录下的xcinit.tcl里的两处0m都改为0就可以运行,并且关闭程序的时候必须点击右上角强行关闭。

3 xcrysden的编译

下面是基于笔者修改的xcrysden 1.6.2的源代码包的编译过程。前面说的笔者的预编译版如果能正常用就没必要自己编译。在centos 7.x和8.0下按以下方法都能编译通过。

运行以下命令安装编译过程要用的库
yum install libgl-devel libglu-devel libxmu-devel

机子里应当已经装了gcc和gfortran,如果没装的话运行yum install gcc-gfortran来安装。

对于某些centos版本,比如centos 7.4,编译中途可能失败,需要在解压目录下的makefile中的x_lib=后面加入-lxss选项,然后重新make all。经测试至少对于centos 7.7不用加这个。

关于笔者修改的xcrysden源代码包的一些细节:make.sys文件是在system/make.sys-shared基础上修改的,原先的这个文件完全没法用,笔者改了许多地方才终于令编译能成功。具体改了哪些,自行对照make.sys-shared就知道了。makefile文件也做了修改,把all:后面的mesa去掉了,因为centos的源直接就有这个,通过前述的yum步骤已经安装了,因此就没必要再在make all的时候编译了。其实对于centos 8,由于源里的tcl/tk已经升为了xcrysden 1.6.2要求的8.6版,因此不编译tcl/tk而直接通过源来装也不是不可以。另外,原本make all的时候会自动下载tcl、tk、togl、fftw、bwidget包,但在大陆地区由于网速问题,很容易中途下载失败。因此笔者直接将这些压缩包放到了external/src目录下,这样编译过程中就会自动利用,而不自动下载这些包了。

原文链接:http://sobereva.com/564

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